皇历2010年中立国日本被神圣不列颠帝国征服，成为了殖民地十一区。七年后，一个名为的Zero反叛者站了出来，率领黑色骑士团向不列颠发起决战。然而，战争却以黑色骑士团的失败和Zero死亡载入史册……
阿什福德学园，又热热闹闹的开始了新的一天，虽然一年前的那场黑色叛乱，这里也不可避免的被殃及了，一度也让叛乱军当作据点使用，可是现在这里已经完全看不到战争痕迹。偶尔说起黑色叛乱，还是让一些亲身经历这场叛乱的导师和学生有些后怕。
教职员办公室里，坐在办公椅上的刚下课回来的维雷塔疲惫的叹了一口气，活动了一下自己发酸的肩膀。低头看看自己安排的满满的课程安排维雷塔就觉得累，整天跟这帮不安生的学生打交道，让她觉得比原来在军队里还累。尤其是那个园长的孙女，最让她头疼。
不过为了男爵地位，维雷塔再怎么不情愿也要忍着。想想这样的生活也持续不了多久了，只要解决了眼前这个问题，自己就能再升一级了……维雷塔惬意的舒了口气，翻开手上的点名册上。其中一个缺勤最多的少年马上映入他的眼帘，维雷塔原本放松的表情变得紧张起来，“鲁鲁修·兰佩鲁基……”
谁能想到这个少年就是一年前那场叛乱的策划者——Zero，他同时还拥有一种名为“Geass”的可怕力量，自己也体验过这种力量，之后……
想到这维雷塔脸色难看起来，伸手按摩起有些疼的头。这时手肘不小心碰开了一卷十一区今天的日报，日报的头条就是《不列颠外交部再次要求中华联邦驱逐在九州地区的黑色骑士团残党》。
九州，一年前迫于当时黑色叛乱的压力，不列颠为了稳住中华联邦捏着鼻子承认了中华联邦在九州的合法性。九州现在名义上是不列颠和中华联邦的共管区，实际上已经被中华联邦吞下了。
看到黑色骑士团残党的这个词汇，维雷塔的脸色不由更加难看了。一年前，在叛乱被镇压的前夕，一个临时接替指挥的人在战争还没有结束的时候，没有通知前线的同伴情况下，带着少数人悄悄的跑了。最终被在海上观望的中华联邦海军以接应侨民的借口，接应到了九州。
不列颠原本认为失去Zero的黑色骑士团一定会一蹶不振，而这些流亡到九州的残兵败将更掀不起什么风浪。可结果让人想不到是，这帮黑色骑士团的余孽在安省了不到一个月，就以九州为基地，在中华联邦和EU的暗中鼓励下骚扰起不列颠的殖民地。由于十一区在上次黑色叛乱之后成为了不列颠关注的重点，重兵压阵之下，没法展开行动的他们就跑到兵力有些薄弱的中东沙漠，跟那里的恐怖分子搅合在一起。等不列颠拆东墙补西墙加强中东地区部署的时候，他们又出现在南洋热带雨林里，跟那里的土著游击队成了好同志。
虽然对不列颠来说，这些骚扰算不了什么。可这像苍蝇的东叮一下，西叮一下的实在是让人心烦。当然还有一个严重的问题，那便是黑色骑士团的国际知名度是越来越高了。据说连北非战线的不列颠军指挥都说，他那里都已经出现借着黑色骑士团的大名给自己壮胆的反叛者了。
这些让不列颠头疼之极的黑色骑士团余孽，被国际上称为——“最后的大队”。
而这个“最后的大队”的大队长，不列颠也透过俘虏口供查出了一些资料。这个人是中华联邦人，曾经是黑色骑士团第二战力，还以两次力挫不列颠军的偶像柯内莉亚而闻名。不过任谁都没想到这么一个英雄般的人物，竟然会在战争结束前就抛下同伴仓皇而逃。关于这个指挥官的影像资料很少，相比于戴着面具的Zero，他倒是很少在媒体面前露面，唯一的影像只有……
维雷塔舔了舔发干的嘴唇，犹豫了会儿把手边的报纸展开，报纸上印着一张照片。这张照片是一年前黑色叛乱的前夕，Zero在特区会场誓师的时候所拍下的。Zero当然是主角，在他的身后站着京都六家的代表和黑色骑士团其他干部，在照片角落的一个有些模糊的人被画了一个红圈。下面注释着这个人便是现在声势显赫的大队长阁下。只是大队长阁下的表情很怪，准备来说跟他身旁的众人都疯狂欢呼“Zero”的时候相比，他未免太过“淡定”了。而且他看Zero的眼神很耐人寻味……
维雷塔神色复杂的看着这个被不列颠称为大队长的人，嘴里不由说出了这个人的名字，“卢森保……”
……
九州福冈军事基地外，穿着一身黑色骑士团团服的辉夜竹曲站在海岸边瞭望对面的本州。
一年前，黑色革命失败前夕，现在的代理总指挥下令撤退。辉夜竹曲认为这是懦夫的行为，他认为就算是失败，就是死亡也要留下来和大家一起面对。当时很多人都是这样的想法，可是代理总指挥却说，“只有活着才能办到更多的事……”或许他们还有些不甘心就这么死了，或许他本来也就不愿意死，所以他们也把这样的歪理当作了苟活的借口。
辉夜竹曲想起刚刚狼狈的逃到九州时候，这里的日本人用鄙夷的眼神看着自己这些残兵败将，在背后指指点点的说什么“逃兵”“败北主义者”“抛弃同伴的胆小鬼”，这让辉夜差点就受不了要自杀，可是现在在自杀那就是逃避了，不折不扣的懦夫行为。活着有时比一死了之需要更大的勇气。
“喂，辉夜！大队长让全体集合了。”
辉夜竹曲转身看着一个同样穿着黑色团服的年轻人一脸笑嘻嘻向喊道，这个人叫秋元里奈，这个人让辉夜总感觉没心没肺的，现在所有人都是抱着内疚和羞耻的心态活着，可是他像是什么事也没发生一样，整天嘻嘻哈哈的。
“是代理总指挥。”辉夜很是无奈的纠正道。“最后的大队”是不列颠对他们这些黑色骑士团余党的称呼，但渐渐的外界都称呼他们为“最后的大队”，现在团内的一些人也开始以这个自成了，如此一来身为“最后的大队”的指挥官当然也就自然而然的是大队长了。
一提到那位大队长，辉夜的脸色就沉重起来。这个大队长原本在黑色骑士团也算个名人，在黑骑无人的情况下成了黑色骑士团的代理指挥。辉夜刻意咬死“代理”这两个字，因为在他心目里Zero才是日本救世主，虽然Zero在上次革命的时候突然失踪，但辉夜相信Zero一定去办更重要的事了。现在的大队长虽然在这一年来也显示出一些不凡，带着他们各处骚扰不列颠其他的殖民区，而且似乎很清楚的不列颠军的作战方式，总能抓住漏洞逃过不列颠的围剿，但终究只是过渡时期的代理。
Zero一定不会那么容易的死掉！Zero一定还活着！辉夜一直希望和等待着Zero的重现。
辉夜就这么满怀心思跟着秋元里奈到了集合地点，这里已经站满了穿着黑色团服的人，这便是“最后的大队”。一个身穿与普通团服有些不同的人，慢慢走上了台上。
“列队！恭迎大队长阁下！”秋元里奈双手放在嘴边笑嘻嘻的喊了起来，丝毫也不管身旁的人郁闷的表情和台上那个人苦笑的表情。
“诸君，还记得一年前的黑色革命吗？”“大队长”一开场突然说起这个，这让在场所有人脸色都是一变，黑色革命对于这些人来说是一个不能提的禁忌字眼，众人这一年来都是在刻意回避这个字眼。可现在“大队长”却当众提出。
“在那一天如同丧家犬一般的仓皇逃窜，像臭虫一样被追得满地乱爬。理想，同伴，甚至是尊严，都被抛的一干二净，一切都为了自己的苟延残喘。不顾前线还在浴血拼杀的同伴，自己偷偷的逃走了。这真是自私，真是无耻，真是恶心，真是令人唾弃。”这么不留情面的话，让下面的人脸色都灰暗起来。
“可是你们真的甘心背着这样的名声，躲藏一生吗？一边虚伪的说着“对不起”，一边继续卑劣的活着吗？”
辉夜竹曲紧咬着牙盯着台上那个人，都是这个人毁了自己这些人的一生，现在居然还有脸在说这个。
“我们为什么还要活着？”“大队长”说着张开双臂像是要拥住什么，大声的说道，“因为我们要证明！活着能比一死了之办的事更多！”
“歪理！”辉夜竹曲看着周围的人又炙热的起来的眼神低声骂道。究竟有多少无耻小人以此为借口，来掩饰自己的懦弱。
“现在我要如约把大家带回去了。”“大队长”终于说出了这场会议的中心。
“要回去了？”
“真的，假的。”
“回到……”
每次说要重新回到对面的本州，可是“大队长”总是说时机未到，可现在时机怎么到了？下面喧闹起来了。秋元里奈当然不会错过这个机会，又大声喊了起来：“大队长阁下！大队长阁下！”不过这次倒是带动了其他人喊了起来，
“代理总指挥！代理总指挥！”
“我是一个值得信任的领袖……”没有人注意到“大队长”低声的自语，和他右眼的那一抹红光。
“说的没错！”这时入口出突然响起一个女声，把众人的眼光吸引了过去。入口处站着一个身宫装的少女。
“神乐耶大人。”众人都安静了下来，给前往会台的神乐耶让出了一条路，神乐耶一边微笑着跟周围的团员招手示意，一边快步走到了高高的会台前。看看到自己胸前的会台，个子依旧没怎么张的神乐耶歪着头楚楚可怜的望着台上的“大队长”，看的“大队长”只好弯下腰伸出手要拉她上来。
“神乐耶大人怎么突然从洛阳回来了？”“大队长”把神乐耶拉上来的时候小声问道。
“这种时候我要不回来的话，就麻烦了。”神乐耶笑了笑轻声说道。上台后，冲着下面的团员说道，“我们一定要去找回Zero！Zero一定会理解大家的！我们这次回去要在Zero的带领下重现黑色骑士团的荣光！”
神乐耶身后的“大队长”无声的笑了起来。
今年是皇历2018年，正如当初所说的一切才刚刚开始……
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