原定于万历四十七年三月二十一日出师，但是因为此役四方调兵，使辽东军饷骤增三百万两银钱，朝廷上下皆认为是此役是一场速战速决，十日内便能打败后金，加上当时朝廷财政状况不佳，战争是一个沉重的负担，所以不敢冒着破产的风险。
虽说內帑里有着众多储银，但皇帝怎么也不肯拨出来应急于辽东战事。
于是内阁大学士方从哲、兵部尚书黄嘉善、兵科给事中赵兴邦等廷臣唯恐师老饷匮，不断发出兵部红色令旗，督促杨镐尽快出兵。
于是杨镐决定提前于二月二十一日出征。但因天降大雪，行军困难。
马林向杨镐劝谏“王师当出万全，宜并兵一路，鼓行而前，执取罪人，倾其巢穴。”
刘綎则提出地形未谙、大雪迷路，应推后进军的日期，同时也对军队的战力质疑，并且要求调集其手下川军三万，可惜兵部只准许调集五千川军。
杜松亦认为朝廷兵饷不足，士卒久未训练，各营彼此又不熟悉，将领之间的关系也不协调，根本就未能大规模兴兵。
但是杨镐皆置之不理，最后决定于二月二十五日出师，在辽阳教场斩抚顺逃将白云龙作祭旗。全军共十余万兵，号称四十七万。再加上应明朝之约前来助战的一万三千名朝鲜兵和叶赫兵一部两千兵马。
杨镐与诸将议定，分四路进攻后金，总兵刘綎率军出宽甸由东；总兵马林率军出三岔口由北；杜松率军出抚顺关由西；李如柏率军出鸦鹘关由南，其中以西路杜松为主力，皆直指赫图阿拉。此外，王绍勋总管各路粮草，杨镐坐镇沈阳。
明军虽说在万历年间没少进行实战磨练，有些军士甚至都是军中一等一的高手。但是整体战斗力、机动力和士气皆在后金军之下，只有装备、武器，人数领先。而且主将无能累死三军。
杨镐既不知兵，又无诸葛之才。所以行诸葛之事，必然的结局就是失败。
西路军在主将杜松的带领下，首先应敌与萨尔浒山。努尔哈赤用杜松派兵袭击界凡之时，猛攻萨尔浒明军，明兵溃败，勇而无谋、刚愎自用的杜松战死。
接着，努尔哈赤将兵北至尚间崖，击败马林部，马林逃往开原，叶赫兵仓惶撤退。
这时，努尔哈赤回师南下，诱敌深入，在阿布达里，围歼刘铤东路军，刘铤阵亡，姜弘立所部朝鲜兵投降。
杨镐闻知三路军惨败，急令南路军李如柏撤回。努尔哈赤用了五天时间打了一场漂亮的歼灭战，明军文武将吏死者三百一十多人，士兵身亡者四万五千八百余人，亡失马驼甲仗无数。
此事传回京师，朝野震然。主战的都灰头土脸的，主和的一个个都跳了出来，开始大放阙词，还口无遮拦的说着不该说的话，他们幸好遇上的不是太祖和成祖二位爷，不然，他们这些人估计早就被诛族了。
当消息传到京师时，朱由学正好在皇帝那边。自从大军出发后，他每日都早早的来到皇帝的寝殿，守着等结果。
今日，前线一军士驾马十万火急赶到京师报告前线之事。虽说皇帝有自己的秘线渠道，但这样的事情，任谁在没有调查清楚时，也不敢往上报啊。
“陛下，前线战败，文武将士死伤无数。??????”那军士单跪在地上，沉重的咽声道。
朱由学和皇帝听到这个消息，心砰的往下一沉。朱由学端在手中的茶杯都碎落在地。
朱翊钧不愧是做过几十年的皇帝，经历过大风大浪。“此事可有误报，确认过没？”朱翊钧已经接受了这番消息，因为他们在这种事情上没人敢给他作假，但内心还是希望这事假消息。
“回陛下，此事千正万确，卑职不敢妄言。”
“你下去吧，好生休息一番。”朱翊钧柔声的对着那军士说道。
“卑职告退”那军士也不多说话，双膝下跪磕了头，就起身离开了。
此时，朱由学还是没有回味过来，他内心里可谓是五味杂陈。
“由学，由学，由学??????”朱翊钧看着还在发呆的朱由学叫唤他，连续三声他都没有反应过来。
朱由学突然感觉有人在叫他，惊得下行醒了过来。“皇爷爷，由学刚才无礼了。”
“没事的，朕不怪你。”朱翊钧这句话说得很是无力，很是伤感，他那年老的雄心被这场失败给淋得无影无踪。
朱由学正准备张口询问皇帝，这采用了自己的主张怎么还是失败了。难不成自己也得经历亡国的痛苦。但是，看到皇帝那般摸样，又不忍心再次在他的伤口上撒盐。
朱由学退去殿内众人，就坐在皇帝旁边的地上，看着皇帝。他心里也在争斗着。
廷臣们接到战报，也都纷纷求见皇帝。朱由学见皇帝坐在那精神不佳，便到宫门那告诉各位廷臣，让他们回去。
众人一见是二皇孙又不是太子，所以他们根本不听他的话，还是囔着要见皇帝。朱由学见左右都不能说服他们，不禁有点恼羞成怒。从袖囊中拿出金牌，指着众人，廷臣们一看是金龙牌，都行了一礼，有几个眼尖的，更是吓得当场拔头就走。不明所以的人，还大骂这几个家伙不够义气??????
众臣见过金牌，不再像之前那样不将朱由学不放在眼里，现在在和他商量着。可是朱由学也不是什么省油的灯，他也压根没将他们放在眼里，反正自己又不和他们打交道。所以，就直接让宫门守卫关闭宫门，然后也没回皇帝那，直接回了寝宫。因为这件事，潜居在慈庆宫的太子朱常洛还不知道。
“什么，你确定？这件事可不是闹着玩的，弄不好可是要杀头的。”太子从座位上蹭的起来，急问道。
“父王，您说我会拿这事开玩笑吗，而且我是那种人吗？！”朱由学立马给自己辩解道。
“不是的，这不??????父王也是一时着急。”
“对了，父王，您说啊，上次我向皇爷爷进言，并且给他提供的进军方案，而且皇爷爷也同意了。您说，这次的失败，皇爷爷会不会??????”
朱常洛一听朱由学的话，大叫一声：“什么，这次的方案是你提的？”
朱由学见朱常洛两眼通红，就跟发怒的狮子似的随时都有可能私下你的一块肉，就点了点头。
“你??????你，你给我跪下，你个逆子，这么大的事，怎么也不和我商量下，就擅自做主。”朱常洛说着，就找东西想打朱由学。
守在外边的王安，听到里面的动静，知道自己没有资格、能力劝解，就紧忙的跑了出去。
“你个逆子，我今日打死你算了，省得你到处为害，你个逆子，??????”太子每说一句，就在朱由学身上抽打下。朱由学从头至尾没有哼哈一句，任凭太子的打骂，因为他现在也怕了。之前被福王派人行刺命悬一线他都没有害怕过，现在他害怕了，他感觉是自己一手将大明给毁了，一手又将努酋给扶持了起来。
不多会儿，王安带着乾清宫的皇帝身边的太监来到了慈庆宫，而且还带来了圣旨。
圣旨大意是说，辽东这件事和朱由学无关，而且朱由学当时建言有功，等等。
当年六月，后金打下开原。七月，攻占铁岭。从此，努尔哈赤由防御转入进攻，明朝在东北地区的统治开始全面崩溃。
军政糜烂，各地优势灾荒不断。真是雪上又加霜。皇帝再也承受不了了，他倒了，他并不是病倒，而是精力殚尽，身体承受不了。